El Ayuntamiento de Hoyo de Manzanares es la forma de administración política del municipio.
Los componentes de este ayuntamiento son elegidos por sufragio universal. Según la ley del Régimen Electoral General, que establece los concejales elegibles según la población del municipio, pasó de 11 a 13 ediles e 1999.
El censo electoral está compuesto por las personas residentes en el municipio, que tengan más de 18 años y con nacionalidad de la Unión Europea.
El órgano de máxima representación política en el gobierno del municipio es el Pleno Municipal. Está formado por 13 concejales y es presidido y convocado por el alcalde. Sus principales competencias son los presupuestos y ordenanzas municipales, los planes de ordenación urbanística y control y fiscalización de los órganos de gobierno.
La gestión ejecutiva del municipio está organizada en las siguientes áreas de gestión: Alcaldía, Cultura, Deportes, Comunicación, Desarrollo sostenible y empleo, Turismo, Bienestar social, Educación, Accesibilidad, Familia e Igualdad, Innovación, Seguridad Ciudadana, Sanidad, Organización Municipal, Personal, Festejos, Juventud, Movilidad y Urbanismo, Medio Ambiente y Obras.
Algunas de las competencias que gestiona directamente el Gobierno de la Comunidad de Madrid son la sanidad pública, la ordenación del territorio y la educación no universitaria.
El municipio cuenta con un juzgado de paz y pertenece al partido judicial 19 de los 21 que tiene la comunidad de Madrid, cuyos juzgados se encuentran en Colmenar Viejo.
